Lorsque deux institutions expertes indépendantes versent au dossier des préoccupations scientifiques documentées avant un arrêt de justice, le tribunal s'engage-t-il avec ces préoccupations — ou les contourne-t-il ? Ce document présente ce que l'arrêt montre.
Le parc éolien des Grands Communaux est un projet de 13 éoliennes dans les forêts de Saint-Jean-de-Bœuf et d'Antheuil, Côte-d'Or. Le développeur, CEPE Grands Communaux (Q Energy France), a déposé une demande d’autorisation environnementale. Le préfet l’a refusée en novembre 2024. Le développeur a fait appel. Le 23 avril 2026, la Cour Administrative d’Appel de Lyon a annulé ce refus et ordonné au préfet de délivrer l’autorisation dans un délai de six mois.
Ce qui suit présente les trois documents clés de cette affaire — l'avis de la MRAe, l'avis du CNPN et l'arrêt du tribunal — côte à côte, afin que la presse, le public et les décideurs puissent évaluer par eux-mêmes la façon dont les preuves expertes ont été traitées.
Source 1
MRAe Bourgogne-Franche-Comté
Avis 2022APBFC14 · 18 mars 2022
L'autorité environnementale régionale, sous tutelle du Ministère de la Transition Écologique. A évalué la qualité de l'étude d'impact environnemental. A émis plus de 22 recommandations formelles. A explicitement recommandé au développeur d'étudier des sites alternatifs à l'échelle intercommunale.
Plus de 22 recommandations formelles
Source 2
CNPN — Conseil National de la Protection de la Nature
Avis défavorable · 19 janvier 2023
Le conseil scientifique national pour la protection de la nature. Sa fonction légale spécifique est d'évaluer les demandes de dérogation aux espèces protégées. Il ne pèse pas les intérêts économiques — il évalue la science. Son verdict a été un rejet formel et sans ambiguïté.
Avis défavorable — rejet formel
Source 3
CAA Lyon — Arrêt N° 25LY00111
Audience 2 avril 2026 · Décision 23 avril 2026
L'arrêt de la cour administrative d'appel qui a annulé le refus du préfet et ordonné la délivrance de l'autorisation environnementale. Les deux avis d'experts figuraient au dossier. Le traitement réservé à chacun est désormais du domaine public.
Autorisation ordonnée dans un délai de 6 mois
Comment l'arrêt a traité les avis d'experts — précisément
Le tribunal n'a pas ignoré les deux avis d'experts au sens brut du terme — il a reconnu leur existence. Ce qu'il a fait est plus spécifique, et mérite davantage d'être examiné. Trois mécanismes juridiques distincts ont été utilisés pour parvenir au résultat sans s'engager substantiellement avec les conclusions scientifiques de l'un ou l'autre organe.
01
La présomption irréfragable
Paragraphes 34, 38, 42 de l'arrêt
La loi sur les Énergies Renouvelables de 2023 (article L.411-2-1 du Code de l’Énergie) a créé une présomption légale selon laquelle les projets d’énergie renouvelable de plus de 9 MW satisfont automatiquement à la condition de « raison impérative d’intérêt public majeur ». Le tribunal juge cette présomption irréfragable. Cela retire l’une des trois conditions légales pour une dérogation aux espèces protégées de tout examen de fond. L’avis du CNPN remettait en partie en question cette condition même. Le tribunal juge qu’elle ne peut être remise en question.
02
Le seuil du risque « suffisamment caractérisé »
Paragraphes 36, 41, 49, 53 de l'arrêt
En droit administratif français, une dérogation aux espèces protégées n'est requise que si le risque pour les espèces est « suffisamment caractérisé ». Le tribunal applique ce seuil espèce par espèce et conclut systématiquement que le risque n’est pas suffisamment caractérisé : ni pour le Circaète Jean-le-Blanc (para 41), ni pour le Faucon pèlerin (para 49), ni pour les chauves-souris (para 53). Ce faisant, il substitue son propre jugement à l’évaluation scientifique du CNPN — sans expliquer pourquoi son seuil diffère des « éléments rédhibitoires » identifiés par le CNPN.
03
La substitution par les documents de réponse
Paragraphes 43–45, 52 de l'arrêt
La MRAe et le CNPN ont recommandé ou exigé des travaux supplémentaires — notamment une véritable analyse des alternatives et des mesures renforcées de protection des chauves-souris. Le développeur a répondu par des mémoires écrits et un calendrier de bridage amélioré. Le tribunal traite ces documents de réponse a posteriori comme satisfaisant aux recommandations initiales des experts, sans vérifier si les réponses étaient scientifiquement adéquates. Le CNPN a dit que les mesures étaient insuffisantes. Le développeur a dit qu’elles étaient suffisantes. Le tribunal a donné raison au développeur. L’arrêt n’explique pas pourquoi le CNPN avait tort.
La question centrale sans réponse
Le CNPN a conclu que le projet présentait des «éléments rédhibitoires rendant impossible l’octroi d’une dérogation aux espèces protégées». Le tribunal a conclu, pour chaque espèce tour à tour, que les risques n’étaient pas suffisamment caractérisés pour exiger une dérogation, ou que les mesures étaient adéquates. Ce sont des conclusions scientifiques opposées sur le même projet, le même site et les mêmes espèces. L’arrêt ne contient pas une phrase expliquant pourquoi le jugement scientifique du CNPN devrait être écarté. Il parvient simplement à une conclusion différente.
Les quatre avertissements communs — et comment le tribunal y a répondu
Avertissement 01 sur 04
Absence de recherche sérieuse de sites alternatifs
Soulevé indépendamment par les deux organes experts
Le droit environnemental français exige des développeurs qu’ils démontrent que leur site est l’option la moins dommageable pour l’environnement raisonnablement disponible. Les deux organes ont constaté que cela n’avait pas été fait au moment de leurs avis. La question est de savoir comment le tribunal a ensuite évalué l’analyse des alternatives que le développeur a produite dans ses documents de réponse.
MRAe — mars 2022
Recommande formellement au développeur de justifier le choix du site en analysant des solutions alternatives « a minima à l’échelle des deux communautés de communes » permettant d’éviter les forêts et les habitats des espèces d’oiseaux et de chauves-souris protégées sensibles aux éoliennes. Cette analyse n’avait pas été réalisée au moment de l’avis de la MRAe.
CNPN — janvier 2023
Indique que le développeur « n’a pas cherché de solution alternative pour éviter l’installation sur un site à très forts enjeux biodiversité ». Conclut que le choix du site a privilégié la distance par rapport aux habitations et les lacunes entre les zones protégées, la biodiversité n’étant qu’une réflexion secondaire. Le CNPN est explicite : cette carence est un motif de son rejet.
CAA Lyon — avril 2026 · Paragraphes 43–45
Accepte l’analyse des alternatives produite a posteriori par le développeur — dans ses mémoires en réponse à la MRAe et au CNPN — comme satisfaisant à l’exigence. Le tribunal conclut que cinq « gisements de vent » ont été étudiés à l’échelle départementale et intercommunale et que chacun a été écarté sur des motifs techniques adéquats. Le tribunal conclut qu’aucune alternative n’aurait causé moins de préjudice aux espèces protégées.
L'écart
L'analyse des alternatives que le tribunal accepte a été produite après les avis des experts, précisément en réponse à ceux-ci. Les deux organes avaient indiqué que cette analyse était absente ou insuffisante. Le tribunal traite la réponse du développeur lui-même comme comblant cette lacune, sans vérification indépendante du respect du seuil scientifique.
Avertissement 02 sur 04
Mortalité des chauves-souris : mesures insuffisantes, préjudice incontrôlable
Soulevé indépendamment par les deux organes experts
Le site du projet est entièrement forestier — parmi les terrains les plus dangereux pour les chauves-souris en Europe. Les deux organes ont constaté que les mesures de protection étaient insuffisantes et que le suivi en conditions forestières était structurellement peu fiable. Le tribunal est parvenu à la conclusion inverse.
MRAe — mars 2022
Note que le projet ignore la distance minimale de 200 m des lisières forestières recommandée par l’EUROBATS et la SFEPM. Signale que la détection de cadavres en forêt dense est systématiquement sous-estimée en raison de la végétation et des charognards. Recommande de confirmer un objectif de préservation d’au moins 90 % de l’activité des chauves-souris. Note la présence de 18 espèces de chauves-souris dans la forêt nationale adjacente.
CNPN — janvier 2023
Indique que le risque de collision et de barotraumatisme pour les chauves-souris « devrait être très élevé ». Cite l’effondrement des populations nationales : Noctule commune en baisse de 88 % en France depuis 2006, Noctule de Leisler en baisse de 54 %. Exige un bridage à 100 % de l’activité pour ces espèces. Point critique : indique que l’implantation en forêt signifie que le suivi de mortalité « ne sera jamais opérationnel » — les cadavres sont éjectés au-delà des plateformes dans la végétation dense.
CAA Lyon — avril 2026 · Paragraphes 30, 52–53
Juge que les lignes directrices EUROBATS n’ont pas de force réglementaire et que le développeur n’était pas tenu de les respecter (para 30). Constate que le calendrier de bridage — renforcé en réponse à la MRAe et au CNPN — couvre au moins 90 % de l’activité des chauves-souris, dont 100 % de l’activité des Noctules. Conclut que les mesures compensatoires (îlots de sénescence dans un rayon de 10 km) sont adéquates. Ne trouve aucun élément dans le dossier contredisant la suffisance de ces mesures.
L'écart
Le CNPN a identifié un problème structurel : en forêt, le suivi de mortalité ne peut pas fonctionner. Le tribunal n’aborde pas ce point. Il constate qu’« aucun élément du dossier » ne contredit la suffisance des mesures — mais l’avis du CNPN figurait dans le dossier, et affirmait exactement cela. L’arrêt n’explique pas cette divergence.
Avertissement 03 sur 04
Rapaces protégés : risques sous-estimés selon les experts
Soulevé indépendamment par les deux organes experts
Le site est situé dans une Zone de Protection Spéciale désignée au titre de la Directive Oiseaux de l’UE, qui abrite certains des rapaces les plus rares de Bourgogne. Les deux organes experts ont constaté que les évaluations d’impact sous-estimaient les risques. Le tribunal, appliquant le seuil du « risque suffisamment caractérisé », est parvenu à la conclusion inverse pour chaque espèce.
MRAe — mars 2022
Émet des recommandations formelles individuelles sur le Circaète Jean-le-Blanc, l’Aigle botté, le Faucon pèlerin et le Grand-Duc d’Europe. Note que la population locale de l’Aigle botté, avec seulement 2 à 5 couples dans la ZPS, signifie que toute mortalité supplémentaire pourrait être irréversible. Note que la nidification probable du Circaète Jean-le-Blanc dans la partie nord de la zone éolienne a été écartée par le développeur.
CNPN — janvier 2023
Signale la Cigogne noire comme une préoccupation supplémentaire, régulièrement présente avec une nidification probable à court terme, nécessitant des mesures maintenant plutôt qu’après confirmation de la nidification. Indique que le système de détection DTBird proposé n’a pas démontré son efficacité pour les espèces les plus à risque. S’interroge sur la rapidité du temps de détection-arrêt pour prévenir les collisions.
CAA Lyon — avril 2026 · Paragraphes 17–24, 41, 48–49
Conclut pour chaque espèce que le risque n’est soit pas « suffisamment caractérisé » soit que les mesures y répondent adéquatement. Pour le Circaète Jean-le-Blanc : les contacts étaient « ponctuels et furtifs » et le risque n’est pas suffisamment caractérisé pour une dérogation (para 41). Pour le Faucon pèlerin : l’arrêt des éoliennes pendant la dispersion des juvéniles protège adéquatement l’espèce (para 49). Cite une étude de 2023 montrant que DTBird réduit le risque de collision de 50 % pour un couple nicheur à 2 km d’un parc.
L'écart
Pour l'Aigle botté — signalé par la MRAe comme risquant une extinction locale irréversible en cas de toute mortalité supplémentaire — l'arrêt ne comprend pas d'analyse de fond. La conclusion du tribunal selon laquelle les risques ne sont pas « suffisamment caractérisés » n'est pas accompagnée d'une explication de la raison pour laquelle les évaluations contraires de la MRAe et du CNPN étaient incorrectes.
Avertissement 04 sur 04
Le paradoxe carbone : détruire la forêt pour l’énergie propre
Soulevé indépendamment par les deux organes experts
Les deux organes ont indépendamment remis en question l’argumentaire climatique du développeur, constatant que la destruction de 10 hectares de forêt mature — parmi les puits de carbone les plus performants disponibles — n’était pas correctement prise en compte dans les calculs de bilan carbone. Le tribunal n’a pas abordé cette question.
MRAe — mars 2022
Note que le bilan carbone ne semble positif que si la perte du puits de carbone forestier est exclue. Recommande au développeur de présenter des chiffres tenant compte du cycle de vie complet incluant la perte forestière, et décrit les chiffres préférés du développeur comme moins représentatifs du véritable impact climatique global du projet.
CNPN — janvier 2023
Indique directement que le bilan carbone positif du développeur est « non recevable » car il ne tient pas compte de la destruction de 10 hectares de forêt. Qualifie cela de « totalement contradictoire avec l’un des objectifs climatiques » que le projet est censé servir. La forêt feuillue est parmi les habitats à plus haute performance de séquestration carbone en France.
CAA Lyon — Avril 2026
La question du bilan carbone soulevée par les deux organes experts n’apparaît pas dans l’arrêt. La contribution du projet aux objectifs d’énergies renouvelables est notée (para 42) dans le cadre de l’établissement de la « raison impérative d’intérêt public majeur » légale. Les questions comptables climatiques plus larges soulevées par les deux institutions expertes ne sont pas abordées.
L'écart
Deux institutions distinctes — sans coordination — ont toutes deux conclu que l’argument climatique du développeur ne résiste pas à l’examen une fois que la destruction forestière est correctement prise en compte. L’arrêt du tribunal ne tient pas compte de cette conclusion, qui figurait au dossier des deux organes.
Le verdict du CNPN en termes simples
«Éléments rédhibitoires rendant impossible l'octroi d'une dérogation aux espèces protégées.»
Le CNPN existe dans un seul but : répondre, sur des bases scientifiques, à la question de savoir si un projet respecte le droit des espèces protégées. Il ne met pas en balance les objectifs d'énergies renouvelables et la perte d'habitat — ce n'est pas sa fonction. Sa fonction est purement l'évaluation scientifique de la satisfaction du seuil légal pour une dérogation aux espèces protégées. Sa réponse ici était sans ambiguïté.
CNPN — Conclusion formelle — 19 janvier 2023
«Le projet ne comporte pas les éléments nécessaires pour assurer l’absence d’impacts résiduels après application de la séquence éviter-réduire-compenser, et présente des éléments rédhibitoires pour l’octroi d’une dérogation à la protection stricte des espèces. Le CNPN émet donc un avis défavorable sur cette demande de dérogation. Si le projet devait se poursuivre, le CNPN exigerait que toute nouvelle démarche visant à construire ce parc soit soumise à son avis éclairé et scientifique.»
L'arrêt du tribunal, aux paragraphes 41, 49 et 53, parvient à la conclusion inverse pour chaque catégorie d'espèces — concluant que les risques ne sont pas suffisamment caractérisés ou que les mesures sont adéquates. L'arrêt ne contient aucun passage expliquant pourquoi le jugement scientifique du CNPN était erroné. Il parvient à une conclusion différente sans tenir compte de celle qui figurait déjà au dossier.
Ce que cela signifie — pour la presse et le public
Biodiversité vs Énergie renouvelable
Il ne s’agit pas d’être contre l’éolien
La MRAe et le CNPN reconnaissent explicitement la contribution du projet aux énergies renouvelables. La préoccupation ne porte pas sur l'énergie éolienne en principe — mais sur ce site, dans cette forêt, avec ces espèces présentes. Les deux organes ont indiqué qu'un emplacement moins sensible aurait dû être recherché. La question est celle du processus, des preuves et de la vraie prise en compte des avis scientifiques experts ou de leur simple reconnaissance procédurale avant d'être écartés.
Pour les journalistes
L'arrêt du tribunal est un document public — lisez les paragraphes 41, 49 et 53
L'arrêt est disponible intégralement sous la référence N°†25LY00111, CAA Lyon, 23 avril 2026. Les passages clés sont les paragraphes 41 (Circaète Jean-le-Blanc), 49 (Faucon pèlerin) et 52–53 (chauves-souris). Dans chaque cas, le tribunal parvient à une conclusion opposée à celle du CNPN sans une phrase expliquant la base scientifique de la divergence. L'avis de la MRAe et l'avis du CNPN figurent tous deux dans le dossier d'enquête publique.
La dimension législative
Une loi de 2023 a rendu irréfragable une condition clé
L'arrêt du tribunal s'appuie largement sur l'article L.411-2-1 du Code de l'Énergie, introduit par la loi française sur les Énergies Renouvelables de 2023, qui crée une présomption irréfragable que les projets renouvelables de plus de 9 MW satisfont au test de l'« intérêt public ». Cette modification législative, introduite après la publication des deux avis d'experts, a effectivement retiré l'une des trois conditions pour une dérogation aux espèces protégées du contrôle judiciaire. Il s'agit d'une question de politique législative, non judiciaire — mais son effet sur la façon dont les avis d'experts sont pesés mérite un examen attentif.
La même loi contient, dans son article 15, une interdiction explicite de désigner des zones d'accélération éolienne au sein des ZPS et des ZSC chiroptères du réseau Natura 2000. Le législateur français a donc reconnu, dans le même texte, que les zones Natura 2000 sont des emplacements inappropriés pour le développement éolien. Le projet des Grands Communaux est situé en totalité dans une telle zone. La loi ne peut pas simultanément présumer que l'énergie éolienne est toujours dans l'intérêt public et signaler que cette catégorie de site doit en être protégée.
Sur le suivi
Le filet de sécurité a été identifié comme défaillant — avant même d'être déployé
Le CNPN a identifié un problème spécifique et technique : l'implantation en forêt signifie que le suivi de mortalité ne peut pas fonctionner, car les cadavres sont éjectés au-delà des plateformes dans la végétation dense. Le tribunal constate qu'« aucun élément du dossier » ne contredit la suffisance des mesures de suivi. Mais l'avis du CNPN figurait dans le dossier — et affirmait exactement cela. Une fois les éoliennes construites, ce problème devient irrémédiable.
Chronologie
Juillet 2019
Demande initiale déposée avec 28 éoliennes. Réduite par la suite au cours de l’instruction.
Juillet 2020
Dossier révisé déposé : 13 éoliennes, hauteur en bout de pale 180 m, 54,6 MW de capacité totale.
Mars 2022
La MRAe émet son avis — 19 pages, plus de 22 recommandations formelles, dont une recommandation d’étudier des sites alternatifs à l’échelle intercommunale. Le développeur n’a pas encore produit une telle analyse.
19 janvier 2023
Le CNPN émet son avis défavorable — rejet formel de la demande de dérogation aux espèces protégées. Six catégories de lacunes citées. Indique explicitement que des éléments rédhibitoires sont présents.
Mai 2023
Le développeur produit des mémoires en réponse aux avis de la MRAe et du CNPN — comprenant une analyse des alternatives menée à l’échelle départementale et intercommunale, et un calendrier de bridage renforcé. Ces documents sont postérieurs aux deux avis d’experts.
2023
La loi sur les Énergies Renouvelables introduit l’article L.411-2-1, créant une présomption légale irréfragable que les projets d’énergie renouvelable de plus de 9 MW satisfont à la condition de « raison impérative d’intérêt public majeur » pour les dérogations aux espèces protégées.
19 novembre 2024
Le préfet de la Côte-d'Or refuse l’autorisation environnementale, invoquant une évaluation insuffisante des impacts sur les espèces, l’absence de démonstration de l’absence d’alternatives satisfaisantes, et les impacts paysagers sur le terroir viticole bourguignon classé au patrimoine mondial de l’UNESCO.
17 janvier 2025
Le développeur fait appel devant la Cour Administrative d'Appel de Lyon. La LPO Bourgogne-Franche-Comté et l'Association de défense de l'environnement en Pays d'Ouche interviennent au soutien du refus du préfet.
23 avril 2026
La CAA Lyon annule le refus du préfet et ordonne la délivrance de l’autorisation dans un délai de six mois. Les deux avis d’experts figuraient au dossier. L’arrêt les considère comme traités par les réponses ultérieures du développeur.
Questions que cela soulève
1
Le tribunal constate qu’« aucun élément du dossier » ne contredit la suffisance des mesures de protection des chauves-souris (para 52). L’avis défavorable du CNPN figurait dans le dossier. Il indiquait que les mesures étaient insuffisantes et que le suivi de mortalité en forêt ne serait jamais opérationnel. Comment l’arrêt réconcilie-t-il ces éléments ?
2
Le tribunal accepte l’analyse des alternatives du développeur — produite dans des mémoires en réponse aux avis d’experts — comme satisfaisant à l’exigence. Quel est le seuil probatoire pour accepter la propre réponse a posteriori d’un développeur comme comblant une lacune que deux institutions expertes indépendantes avaient identifiée ?
3
La loi de 2023 sur les Énergies Renouvelables a rendu irréfragable la condition d’« intérêt public » pour les dérogations aux espèces protégées pour les projets de plus de 9 MW. Cela a effectivement retiré l’une des trois conditions de tout examen de fond. Ce changement législatif a-t-il été suffisamment débattu quant à son effet sur le poids accordé aux avis d’experts sur les espèces protégées ?
4
Une fois les éoliennes construites dans cette forêt, le constat du CNPN selon lequel le suivi de mortalité est structurellement inopérant devient irremédiable. Quel mécanisme de responsabilité existe-t-il si le préjudice causé aux espèces identifiées se matérialise et ne peut être mesuré ?
5
Pour l'Aigle botté — avec seulement 2 à 5 couples nicheurs dans toute la ZPS — la MRAe a précisé que toute mortalité supplémentaire risquait d’entraîner un effondrement irréversible de la population locale. Où dans l'arrêt cette préoccupation spécifique est-elle abordée ?
